【摘要2018.1.20.工商時報】最近，科技部、立法委員及少數學者希望推動「科技部組織法部分條文修正草案」，主要目的有三，其一，針對科技部、科技會報、經濟部等部會定位做出明確分工；其二，科技部擴大業務範圍，納入經濟部門業務；其三，強化科技部角色，科技預算審議交由科技部主導等。
從表面上看，科技預算執行單位予以明確分工，並由科技部統一事權進行科技資源的分配與計畫審議，可以降低科技資源的重覆投資。同時，科技部接手部分的經濟部中下游研發業務，有助於科技的基礎研究、中游應用研究及下游技術發展的上中下游協調、整合，連成一氣，使產學研合作加強，提高科技預算的執行效率。但若干問題待釐清，否則可能為帶來科技研發、產業競爭力會帶來衝擊，值得正視問題如下：
第一，科技部執行能量能否消化龐大的科技預算：根據科技部的規劃，未來該部擁有科技預算的審議大權，科技部的科技預算勢將大幅增加，但上游的基礎研究，欲移轉至中下游的應用研究、技術商品化，必須有足夠的執行人力、機構，才能落實執行。
以往科技部為科技政策的制定者，但缺乏科技研發的執行經驗、能量，短期內也不易馬上到位。而下游技術移轉、商品化、輔導及對業界的了解，也並非科技部所擅長，未來科技政策在應用、商品化的各個環節可能出現的斷層、真空，必須審慎因應。
第二，科技資源配置失衡，不利科技預算執行績效：眾所皆知，台灣產學合作效率不佳，過去每年耗費數百至上千億的國家型計畫，其效率、績效評估向來飽受爭議。同時，基礎研究應用，移轉至產業界的比重，也遠遠不及日本，更遑論美國。
在產學合作不佳，科技上游研發到下游商品化效率不彰的情況下，將更大筆科技資源再投入上游的基礎研究及其主管單位的科技部，導致資源更扭曲的配置，在投入產出績效降低下，產業發展的腳步勢將遭受衝擊。
第三，科技研發預算分配及執行單位集中於科技部，在球員兼裁判下，資源如何公平分配？目前科技會報負責審議、資源分配，如資源、執行集中於科技部，在本位主義思考下，對科技資源的配置勢將嚴重失衡。在頭重（上游基礎研發經費配置多）、腳輕（中下游應用研究、商品化預算少）下，對原本預算已多於經濟部的科技部，更將一面倒的失衡。如何兼顧資源公平分配，使在第一線推動產業發展的經濟部有足夠資源，來強化產業優勢及出口競爭力，必須正視。
第四，權責必須相符以提高科技研發的效率：根據科技部規劃，科技負責研發、應用研究、而下游的商品化、輔導仍交由經濟部，勢將形成大筆經費在握的科技部卻不須負最終商品化的成敗責任，導致有權無責，不利經濟效益、產業競爭力的提升。
第五，績效指標（KPI）應明確，使民眾、企業有感。科技部以創新家數、獨角獸家數目KPI，這些都是投入面而非產出面指標（就業、投資），因台灣目前的創新創業仍以點為主，非全面性，對吸引投資，創造就業有限。而科技的獨角獸，除了技術創新、商業模式外，著重在資本市場的操作，只有少數公司，少數企業及少數投資人藉資本操作獲利。因此，未來KPI必須更著重投資、創造就業等產出面的KPI。
第六，科技資源應避免重複投入，導致資源的浪費：為求績效、討好年輕人，以及吸引媒體矚目。各部會紛紛跳下來規劃創業計畫，鼓勵青年人創業。但創業失敗率高，反而使青年人涉入更大風險，而且資源重覆配置，上中下游研發分工紊亂，對產業競爭的提升幫助有限。
展望未來，我們認為：
第一，科技資源的分配仍應由科技會報進行，避免科技部負責執行研發計畫，又兼具負責資源分配可能產生的本位主義。
第二，科技部應加強基礎研究，而中游的應用研究、下游的技術發展，仍應由對產業較了解，輔導能量較充足的經濟部主導較適合。其間科技部和經濟部的部會協調、合作則仍由科技政委主其事。
如政府仍執意於部會間的明確分工，我們的建議是，將國家科技產業經費一分為二，分成科技研發、產業研發兩大塊。科技部負責科技研發及執行（科技專業預算），而經濟部則負責產業相關研發及產業的發展（產業專業預算），並由各自培養自己的智庫、研究機構進行政策規劃、研發及產業化，在權責相符下，部會間良性競爭，反而有利於提升各自的競爭力。
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