2012年5月28日 星期一

各種生化反應的能量流動 The Flow of Energy in Biochemical Reaction

探索生命《生物學》17
1.      地球上一切生物所需的能量來自於太陽。綠色植物的葉綠素分子chlorophyll molecules吸收太陽光能,使分子的電子被激化轉移到更高的能階高能階的電子回落到低能階時會釋放能量,啟動一系列的化學反應。
Helene GRIMAUD plays Beethoven Piano Concerto No.5-3st.mov

2.      葉綠素分子從太陽吸收的能量不斷地在各種分子之間轉移,最後太陽能遍佈生物圈的每一個角落,而生物也透過各種化學反應攔截分流下來的能量,來驅動生命的運作
3.      活的有機體身上有許多可傳遞能量的化學反應。舉例來說,你的肌肉透過肝醣分子儲存能量,肝醣是由數百個葡萄糖單元組成的多醣,肝醣分子構造有許多分枝的骨架。
4.      儲存在葡萄醣分子的能量,可透過一系列的化學反應被釋放出來,讓肌肉有力量收縮。這類反應在活體細胞中進行得非常迅速,但是在試管中就變得很慢。
5.      活的有機體到底提供什麼樣的環境條件,讓傳遞能量的化學反應可以迅速進行?更精確地說,是什麼因素影響了化學反應速率?在我們回答這些問題前,我們將簡單扼要地說明操控化學反應傳遞能量的法則。

所有能量傳遞都遵循熱力學定律
All Energy Conversions Are Subject to the Laws of Thermodynamics
6.      能量,能夠做功;能量的來源有許多種:光、熱、電是主要的能量種類,此外還有核能、機械能、化學能
7.      能量的形式可分為二種:位能potential energy(儲存的能量)、動能kinetic energy(運動狀態的能量)。作功的能量,一定與動能有關。
8.      舉例來說,水庫儲存的水因為地勢較高的關係具有位能,當水閘門打開,水順著水道奔流下來,位能轉換成可以作功的動能,驅動發電渦輪。
9.      同樣例子,一塊「煤」蘊含著位能,當煤燃燒的時候,煤儲存在原子之間的位能轉換成動能,以熱的形式釋放出來。燃燒煤產生的熱能可以把水煮沸加熱,把液態水轉換成水蒸氣,驅動渦輪。如同以上兩個例子指出的,這世界上各式各樣的能量中,至少有部分的能量是可以彼此轉換
10.     根據熱力學第一定律「能量守恆定律」,宇宙的能量是恆定的,不論能量如何轉換,過程中能量不會無故消失或憑空製造出來。
11.     活的有機體運作生命的能量來源主要是化學能,他們利用一系列的化學反應釋放儲存在有機分子內的能量。從這個觀點來看,活的有機體裡的每一個細胞都是一部小型傳導工具transducers,或者說是能量轉換器,將化學能轉換成其他形式的能量,或者將其他形式的能量轉換成化學能。
12.     活的有機體是化學位能的儲存室,只要身體有需要,這些化學位能會轉換成動能。然而,當這些能量被拿去使用,儲存的能量就愈來愈少。有機體必須從外在周遭尋找能量補充。對許多有機體來說,外在能量來源就是其他的有機體,生物通常是透過吃下其他生物來補充新能量
13.     按照熱力學第一定律,所有能量都不會因為轉換而耗損,看起來能量應該可以從這個有機體完整地轉移到另一個有機體,一個生物需要多少能量,就攝取含有同等能量的其他有機體就可以了,不需要多攝取能量。
14.     可是現實不是這樣,因為生物攝取的能量不完全用在身體內部運作,有些能量會在日常生活中耗損流失到外在的物質的世界,例如當你丟一顆石頭或移動一枝鉛筆時,你就是把身體內的能量轉移到石頭或鉛筆的運動上。
15.     所有的生物都會像這樣在運動中流失掉系統的能量。所有生物都會排泄,身體排泄的物質裡面也保有一些能量,這些能量同樣是從身體流失出去。
16.     關於能量為什麼會逐漸從生物的身體系統中流失出去,還有一個基本的原因。熱力學第二定律The Second Law of Thermodynamics宇宙的亂度不斷增加,相對地可以用來作功的能量隨時間逐漸減少。
17.     每一次能量轉移,都會流失掉一些有用的能量,增加系統的亂度與隨機性。能量從來就不可能達到100%有效率地傳遞,總是會在過程中流失一些能量,通常是以熱能的形式逸散出來;例如人類的體溫會以熱的形式,流失到周遭空氣中。
18.     熱,是最隨機、失序的能量形式,大部分的系統無法用這種能量作功,熱能也無法循環使用。電廠的冷卻系統與汽車的散熱系統會排出大量的熱能。我們的身體也會產生廢熱,因此發展出特殊的機制,例如流汗,來排除過多廢熱到周遭環境。
19.     以上這一切現象都是依據熱力學第二定律,宇宙中一切物質,不論是活的有機體或無生命的物質,都持續地增加他們的亂度(廢熱)。
n     翻譯編寫 Carol H. McFadden and William T. Keeton Biology

維繫生命的分子 摘要

探索生命《生物學》16
Mnozil Brass

1.      有機化學研究「以碳原子為骨架」的分子的化學性質。最簡單的有機分子是碳水化合物,碳水化合物分子由氫原子與碳原子組成。
2.      在活的有機體身上可發現四種主要的有機化合物:碳水化合物carbohydrates脂類lipids蛋白質proteins核甘酸nucleic acids。雖然這幾類分子的構造與功能不同,不過也有共通性,它們都是由最簡單的「基礎單元building-block」組成的分子。
3.      幾顆最簡單的「基礎單元」分子,透過移除水分子,結合成大型有機分子複合物,這個過程稱為縮合反應condensation reaction。縮合反應是可逆的(反應可以倒轉),大型的有機分子複合物,加入「水」進行反應,就可被水解成較簡單的「基礎單元」分子。
4.      碳水化合物的「基礎單元」分子是單醣monosaccharides。二個單醣鍵結在一起就成為雙醣disaccharides。許多單醣鍵結在一起變成一條條長鍊,就形成多醣polysaccharide;例如,澱粉、肝醣、纖維素都屬於多醣。碳水化合物是植物的主要結構成分,也是一切有機體的重要能量來源。
5.      脂類,脂肪與類似脂肪的物質,能夠溶解於有機溶劑,不溶於水。脂肪由1甘油glycerol3脂肪酸fatty acids組合而成,甘油與脂肪酸透過縮合反應結合成脂肪。
6.      磷脂質phospholipids屬於脂類;磷脂質是構成細胞膜的重要成分。類固醇steroids也屬於脂類,類固醇分子都有4個互相連接的碳氫環,但是每一種類固醇分子環周邊連接的原子群不同。
7.      蛋白質是由胺基酸amino acids組合成長鍊型分子,幾個胺基酸分子經由縮合反應彼此結合成蛋白質。胺基酸分子彼此連接的化學鍵稱為胜肽鍵 peptide bond,製造出來的長鍊分子稱為多胜肽鍊 polypetide chains
8.      一系列胺基酸分子組成的多胜肽鍊 polypetide chains與分子之間的雙硫鍵disulfide bonds,構成蛋白質的一級構造the primary structure
9.      不同的胺基酸分子之間會形成氫鍵,這些氫鍵能夠固定捲曲或折疊的多胜肽鍊 polypetide chains,構成蛋白質的二級構造the secondary structure;蛋白質的二級構造分為α螺旋 an alpha helixβ折疊 a beta sheet
10.    α螺旋β折疊這些二級構造the secondary structure,能夠進一步折疊成複雜的球狀造型,透過多胜肽鍊 polypetide chains上各種不同的「碳氫原子群R groups」彼此之間的引力固定,形成蛋白質的三級構造protein's tertiary structure
11.    有些球狀蛋白質是由二條或二條以上的多胜肽鍊 polypetide chains各自折疊、捲曲好之後,再彼此組合起來,構成蛋白質的四級結構 protein's quaternary structure
12.    蛋白質的立體構造是透過弱鍵固定,也因此蛋白質很容易變形,改變蛋白質的生物功能。溫度酸鹼度pH的改變都會破壞denature蛋白質。
13.    核酸nucleic acids的基礎單位是核甘酸nucleotides。核酸分子的構造是一個「五碳醣」連接一個「磷酸原子群」與「含氮鹼基」。
14.    每個核甘酸基礎單位,透過縮合反應,將每個核甘酸的醣與下一個核甘酸的磷酸原子群連接起來,串成一條核酸。
15.    核甘酸有四種不同的鹼基。生物透過核甘酸鹼基各種不同的排列順序,紀錄遺傳資訊,與合成胺基酸的指令
16.    核甘酸分為二種,DNA去氧核醣核酸RNA核醣核酸,它們彼此的差異在:
(1).核醣(DNA是去氧核醣,RNA是核醣)。
(2).含氮鹼基(DNA有胸腺嘧啶thymineRNA有尿嘧啶uracil)。
(3).分子鍊的股數(DNA雙股分子鍊螺旋組成,RNA單股分子鍊)。
(4).生物角色(DNA記錄遺傳指令,RNA複製、運送DNA指令到執行單位)。
n   翻譯編寫 Carol H. McFadden and William T. Keeton Biology》;