2013年1月24日 星期四

DNA的構造與複製 The Structure and Replication of DNA

探索生命《生物學》76
1.        我們已經學到,細胞分裂之初,必須先複製包含基因的染色體內,染色體複製成二份再分裂,這樣每個子細胞都能分配到一份來自母細胞/親代細胞的基因。接下來我們將討論基因材料的化學性質。
2.        在這一章,我們將討論為什麼DNA被定義為基因材料?以及後續關於DNA分子結構的研究,並且說明DNA分子成為遺傳的媒介的關鍵;我們將更細膩地討論染色體複製的過程「基因複製replication」。

一系列的實驗導引人類瞭解基因由DNA組成 A Series of Experiments Led to the Realization That Genes Are Composed of DNA
3.        如果基因位於染色體內,那麼,判斷基因化學性質的第一步必須分辨清楚染色體內有哪幾類化合物。這就是早期研究者努力去做的事情。
4.        1900年前,化學分析顯示大部分有機體的染色體含有蛋白質和DNA。接下來的數十年,大部分生物學家推測蛋白質可能是基因材料,因為他們覺得只有蛋白質的化學複雜度足夠記錄眾多的遺傳訊息。
Sleeping Beauty (Royal Ballet): Angry Carabosse enters
5.        1928年,英國細菌學者Frederick Griffith發表關於肺炎雙球菌pneumococci的實驗,肺炎雙球菌是造成肺炎的細菌。
6.        肺炎雙球菌有二個品種,會致病的品種稱為S肺炎雙球菌S是指細菌的肺炎雙球菌的菌落表面光滑smooth,另一個品種是無害的,稱為R肺炎雙球菌R是指菌落表面粗糙rough
7.        Griffith實驗顯示,老鼠被注射活體的R肺炎雙球菌之後,可以繼續存活,老鼠被注射活體的S肺炎雙球菌之後很快就死了;如果老鼠被注射的是加熱殺死的S肺炎雙球菌,老鼠會繼續存活。這樣的結果並不令人意外,致病的S肺炎雙球菌必須是活的才是病原體。

8.        可是,他的另外一個實驗就比較複雜,對老鼠注射活的R肺炎雙球菌和加熱殺死的S肺炎雙球菌後,老鼠死了。為什麼無害的R肺炎雙球菌混入已經死掉的S肺炎雙球菌後會殺死老鼠呢?
9.        Griffith檢驗死掉老鼠的屍體,發現裡面都是會致病的S肺炎雙球菌!這些S肺炎雙球菌怎麼來的?
10.     許多謹慎進行的實驗結果說服Griffith相信,活的R肺炎雙球菌透過死掉的S肺炎雙球菌細胞,轉變成S肺炎雙球菌。死掉的S肺炎雙球菌的遺傳基因進入到活的R肺炎雙球菌細胞裡,因此將R肺炎雙球菌轉變成S肺炎雙球菌。這樣的改變過程稱為轉化transformation
11.     1940年代其他的研究顯示,從加熱殺死的S肺炎雙球菌抽取出來DNA放到R肺炎雙球菌的菌落,會造成R肺炎雙球菌轉化成S肺炎雙球菌,促成細菌轉化的因素是DNA
12.     顯然,活的R肺炎雙球菌是從周遭媒介裡獲得S肺炎雙球菌的DNA才轉化的。跟蛋白質沒有任何關係。雖然實驗結果是如此,但是當時許多科學家還是無法相信DNA是基因材料。
13.     在接下來的10年,指出「DNA是基因材料」的證據持續變強。至少有30份不同的研究指出,細菌在DNA誘導下發生基因轉化。
14.     1952年卡內基基因實驗室的Alfred D. HersheyMartha Chase對微生物的研究進一步提出新的證據。他們專注於研究一種會攻擊大腸桿菌的病毒,人類腸道內有很多這種病毒,這種能夠摧毀細菌的病毒稱為噬菌體bacteriophage
15.     病毒是一種非常微小的致病原,病毒無法複製自己。相反地,病毒將基因材料輸入到細胞中,控制細胞機器,指揮細胞生產新的病毒顆粒。
16.     許多研究顯示,病毒顆粒virions的構造包含二部分:蛋白質外殼protein coat核酸中心nucleic acid core。電子顯微鏡的觀察顯示,噬菌體病毒的構造比許多病毒更複雜。
17.     噬菌體的蛋白質外殼分為多面體的頭部,裡面裝載DNA,長長的尾部,包括中空的尾鞘和6支像腳的細長構造。
18.     電子顯微鏡顯示,當噬菌體顆粒黏上一個細菌細胞,它會用尾巴插上細菌細胞壁。沒有任何證據顯示噬菌體顆粒的蛋白質外殼曾進入過細菌細胞內(噬菌體顆粒的蛋白質外殼不會進入細菌細胞內)。
19.     在噬菌體黏上細菌細胞壁的2025分鐘之後,細菌內就出現新的噬菌體,接著細菌細胞迅速爆破,釋放數百個新的噬菌體顆粒到周遭媒介。
20.     新誕生的噬菌體顆粒的基因,與啟動細胞複製的噬菌體的基因一模一樣,因此推測噬菌體注入到細胞內的及傳基因,利用細胞的胞器製造新的噬菌體。噬菌體繁衍的生命週期如下圖:

21.     1952年,Alfred D. HersheyMartha Chase做噬菌體研究時,生物學家們還不太瞭解病毒的實際構造或病毒繁殖週期的細節。生物學家們只知道噬菌體主要是由DNA和蛋白質組成,而且噬菌體將基因注入細菌細胞中,然後驅動細胞機制產生新的噬菌體。
22.     基本上,DNA含有磷、沒有硫,而大部分的蛋白質含有硫、沒有磷。HersheyChase設計的實驗確定噬菌體注射到細菌內的物質只有DNA,沒有蛋白質,或者只有一點點蛋白質。
23.     首先,用放射性磷同位素35P硫同位素35S的物質培養噬菌體,讓噬菌體的蛋白質含有含有放射性的硫同位素35S,並且DNA含有放射性的磷同位素35P
24.     接著,將放射性的噬菌體與沒有放射性的細菌放在一起,給予充足的時間,讓放射性噬菌體能夠將它的遺傳物質注射到沒有放射性的細菌體內。
25.     然後科學家將細菌放入攪拌機打碎,先偵測細菌表面物質,結果發現細菌表面的殘骸,大多是硫同位素35S,只有少量的磷同位素35P,顯示殘留在細胞表面的是噬菌體的蛋白質外殼。
26.     再偵測細菌內的物質,結果發現裡面是35P,而沒有35S,顯示噬菌體只有將DNA注入細菌。此時,細菌體內已經利用噬菌體注入的DNA複製新的噬菌體顆粒。
27.     這個實驗支持肺炎雙球菌實驗的結論,肺炎雙球菌轉化是因為核甘酸(DNA),而不是蛋白質。
n      翻譯編寫 Carol H. McFadden and William T. Keeton Biology》;圖片來源/Biology-themiracleoflife123RFHyglos.deDipity

2013年1月1日 星期二

混成軌域的空間排列

化學原理啟迪367
Svetlana Zakharova & Roberto Bolle - La Bayadere Pas de Deux (La Scala)
1.     當我們描述一個分子的定域化電子模型時,有一點十分重要,就是必須按部就班地進行:1.先畫出分子的路易斯結構2.畫出分子的電子對的空間排列VSEPR模型。3.判斷填入電子的原子混成軌域是屬於哪一種。
2.     一個模型要成功,必須抓到描述對象最重要的自然特質。在建立分子的鍵結模型時,必須十分清楚一件事情,分子傾向於優先降低整體能量,比較不重視保留這些原子獨立狀態下的特質。組成分子的原子必須要滿足分子的需要。
3.     當我們討論某個分子的鍵結情形時,我們總是先考量整個分子而不是裡面的個別原子。在分子中,電子的排列方式是務求讓每個原子的價電子符合鈍氣組態,降低電子對的斥力
4.     分子內的原子排列原則是將電子對彼此之間的斥力降到最低,然後,每個原子配合分子電子對結構的需要將軌域混合。
5.     在我們應用定域化電子模型LE model描述分子時,我們不應該過度強調每個原子的特質。在獨立狀態下每一種原子的價電子在空間中的方位並不重要,重要的是在分子中每個原子的價電子的位置必須使分子達到最穩定狀態。
6.     同樣的道理,討論組成分子的原子軌域時,在獨立狀態下原子的軌域也是不太重要,重要的是這些原子要形成什麼樣的軌域才能將分子的能量降到最低。
7.     【例題】請說明以下幾個分子或離子的分子構造,並預測分子內每個原子的混成軌域:
a.CO  b.BF4 c.XeF2
【解題】
a.一氧化碳CO分子共有10顆價電子,它的路易斯結構是:
一氧化碳分子的每個原子各有2對有效電子,這代表他們的原子軌域都是sp混成軌域。碳與氧之間的三鍵,包含一個sp軌域交疊而成的σ2p軌域重疊而成的2π。碳與氧的未鍵結電子對位於sp成軌域。CO分子只有2個原子互相吸引,因此是一個直線構造分子。

b.四氟化硼離子BF432個價電子。四氟化硼離子BF4的路易斯結構,中心原子硼B共有4對價電子,這必須以四面體結構排列才能將電子對彼此的斥力降到最低:
所以,中心硼原子Bsp3混成軌域,四氟化硼離子BF4的每個氟原子也同樣擁有4對價電子,是sp3混成軌域。四氟化硼離子BF4的分子結構是四面體。

c. 氟化氙XeF2分子共有22個價電子。路易斯結構顯示氙Xe5對價電子,以雙三角錐的結構排列:
特別留意,氙Xe的未鍵結電子對在三角平面上,並且容納未鍵結電子對的3個軌域彼此夾角為120°。氙的5對電子形成雙三角錐,由此推測氙的原子軌域為dsp3混成軌域
 
每個氟原子F都有4對電子,這顯示氟的原子軌域為sp3混成軌域。二個氟的sp3混成軌域與氙Xe垂直於三角平面的dsp3混成軌域交疊成化學鍵,形成一個直線結構的氟化氙XeF2分子。
n  翻譯編寫Steven S. Zumdahl Chemical Principles》;圖片來源/PadhaichannelMeritnationCitycollegiateUwplattAjilbabChem.tamu.edu