2013年1月30日 星期三

Watson-Crick 模型指出基因複製機制

探索生命《生物學》78
1.        基因材料DNA的結構一定考慮到複製基因資訊與調控細胞的需求。WatsonCrickDNA模型點出DNA的構造如何滿足這二種需求。
Ludwing Van Beethoven : Duo for Clarinet and Bassoon 

2.        WatsonCrick指出,二股DNA分子鍊的鹼基之間的氫鍵斷裂分開後,按照每股DNA分子鍊的資訊所合成新的DNA分子鍊,就是原先那股DNA模版連接的另一股DNA
3.        因為嘌呤adenine必須與胸腺嘧啶thymine成對,鳥糞嘌呤guanine必須與胞嘧啶cytosine成對,因此其中一股DNA的核甘酸序列精確指出它成對的另一股DNA的核甘酸序列。
4.        換句話說,當細胞用某種方法將兩股DNA像拉拉鍊那樣拉開,就能夠按照舊版單股DNA的核甘酸去複製成對的另一股DNA鍊。因為新合成的二股DNA是按照舊版二股DNA核甘酸序列複製的,因此這二股新的DNA鍊可以鍵結成雙股DNA
5.        雙股DNA分開後的單股DNA可以作為模版,合成單股DNA相對的另一股DNA,製造出與原本分子完全一樣的雙股DNA分子。

DNA Replication is Mediated by an Assortment of Enzymes DNA複製受到酵素混合物的控制
6.        DNA複製程序十分複雜,但並非毫無秩序。首先,用酵素切斷連接兩股DNA鍊、固定造型的氫鍵,將DNA分子鍊拉直分開。
7.        然後,以每條舊有的DNA鍊為基礎合成與它互補的DNA鍊,舊有的DNA與新合成的DNA是成對的,這二條成對的DNA共價鍵結成DNA分子鍊。
8.        複製DNA序列的每一個步驟都有特定的酵素協調,而且進行的速度極為迅速與精準。舉例來說,大腸桿菌E. coli複製DNA的過程,DNA聚合酶 DNA polymerases平均每秒處理500個鹼基,DNA聚合酶是由許多酵素組成的複合物。
9.        原核生物和真核生物進行DNA複製的基本挑戰是一樣的。事實上,細菌和人類細胞的基因複製程序有許多相似之處。
10.     雖然細菌的染色體是環狀的,人類染色體是線狀的,但是基因複製的起點都是DNA上一段特殊的序列,稱為複製起始點replication origins,然後沿著起始點的兩側繼續進行複製。
11.     真核細胞的染色體數量很大,人類DNA大約有60億的鹼基對,因此必須許多地方同時進行複製程序;如果不能許多地方同時進行複製,一個複雜的真核細胞複製DNA和分裂會需要花數週或數月的時間。
12.     此外,真核細胞和原核細胞都有其特定的複製程序防止DNA鍊彼此糾纏,也各有其酵素複合物去分辨與修正錯誤。
13.     真核細胞的染色體複製涉及許多種染色體的蛋白質。我們已經知道在真核細胞中,染色體的組成是一條長的DNA分子纏繞在許多核小體上,這些核小體是由組織蛋白組成的。
14.     DNA的合成階段一樣,新的組織蛋白也是在細胞週期的S合成。雖然有些細節還不是很清楚,但是新複製的DNA很快地就纏繞在許多組織蛋白上(裡面有些組織蛋白是新合成的),並且永久地纏繞在這些組織蛋白上。
15.     S期的尾聲,每條染色體都完整複製了,形成二份完全一樣的DNA,這二份完全一樣的染色體被著絲粒綁在一起。
n       翻譯編寫 Carol H. McFadden and William T. Keeton Biology》;圖片來源/BiochemhelpLeicesterWeloveteaching

分子軌域模型 The Molecular Orbital Model

化學原理啟迪368
1.     討論到現在,我們已經清楚瞭解定域化電子模型LE model在解釋分子的結構與鍵結方面確實十分有貢獻。不過這個模型只是一個近似值,它大略描述分子某方面的真實,但也有些不足之處。
2.     舉例來說,定域化電子模型假定分子內的電子在固定的位置是不正確的,必須再加入共振的觀念。此外,這個模型不太能夠解釋帶有未鍵結電子的分子。最後,這個模型無法直接提供鍵能方面的資訊。
TCHAIKOVSKY - "Dance of the Sugar Plum Fairy" / Nutcracker 

3.     另一種可以解釋分子內原子鍵結的模型是分子軌域模型molecular orbital model。接下來我們將以最簡單的氫氣分子H2為例,介紹分子軌域模型的基本假設與使用方法。一個穩定的氫氣分子比個別獨立的氫原子能量低432kJ/mol
4.     氫分子H2的組成成分為質子與電子,這與獨立的氫原子組成成分相同,所以用類似原子理論的東西來解釋分子應該蠻合理的,原子理論假設原子在每一種軌域的電子有特定的能量。我們能不能也用同樣的方法設定解釋氫分子H2?可以,量子力學(特定軌域裡的電子有特定的能量)確實能夠清楚地描述氫分子H2
5.     雖然用量子力學來解釋分子十分清楚易懂,但是它也有獨立氫原子使用量子力學解釋時所遭遇的問題,當原子是多電子原子時,各個電子彼此會交互作用(互斥)。由於我們無法完全瞭解電子運動的細節,因此我們也無法完全弄清楚(在原子內或分子內的)電子與電子之間的交互作用。
6.     所以我們只能取一個近似值,這個近似值既可以解決電子與電子之間斥力的問題,又不會摧毀量子模型的物理完整性。我們可以透過比較理論預測的結果與實驗獲得的觀察來判斷我們設定的模型近似值是否成功。在這裡我們將介紹十分好用的簡化模型。
7.     就像原子軌域模型解答原子的電子的量子力學,分子軌域模型molecular orbitalsMOs也解答分子的電子的量子力學。分子軌域有許多特質與原子軌域相同,其中二個最重要的特質是(1)在同一個軌域內的2個電子旋轉方向相反。(2)分子軌域波函數的平方代表電子出現的機率
8.     原子的電子活動軌域可能有好幾種,同樣地分子軌域也是如此。為了解釋清楚分子軌域模型,我們假設氫分子H2的分子軌域是用1s軌域建立。(因為1s軌域是氫原子的電子處於最低能階的狀態,又稱為基態,所以)用1s軌域建立氫分子軌域模型稱為基底函數組basis set
9.     如果要氫分子要解釋的細節更多,就必須用不同的基底函數組,意思就是用其他不同徑向(大小與方位不一樣)的最低能量軌域來解釋氫分子。但是因為我們的目的是解釋清楚分子軌域的觀念,為了避免事情變得太複雜,我們將使用最簡單的模型。
10. 首先我們假設氫分子軌域是由氫原子的1s軌域建立,這樣可以大大地簡化程序。這樣建立出來的近似值軌域,出現二種分子軌域MOs
MO11sA1sB
MO21sA1sB
在這裡1sA1sB軌域代表2個獨立氫原子的軌域;+代表2個軌域混合成鍵結軌域bonding,-代表2個軌域互相排斥成反鍵結軌域antibonding,說明如下圖:
11. 軌域性質中最重要的就是軌域的大小、造型(電子可能出現的區域electron probabilty distribution)和能量。下圖為氫原子的分子軌域的組成原子軌域以及2種分子軌域的能階:
12. 下圖為氫分子的電子可能出現的區域與能階對照:
13. 分子的軌域的能階圖與電子可能出現的區域分佈圖,有以下重點:一、氫分子的二種分子軌域MOs都是環繞著2個鍵結原子核之間的軸線分佈
14. 第一種分子軌域MO1電子分佈圍繞2原子核並集中在2原子核之間,這種匹配相位matching phases的二個原子軌域的電子波動彼此產生建設性干涉,這會強化電子在二原子核之間出現的機率。
15. 第二種分子軌域MO2也在連接2原子核的軸線上,但是沒有出現在2原子核之間,而是各自環繞著著2原子核與其外圍區域,這種不匹配相位的二個原子軌域,它們的電子波動對彼此產生破壞性干涉,造成2原子核之間出現波節(沒有電子波的區域)。
16. 氫分子的二種分子軌域MOs的電子雲,都是都環繞著連接二原子核的軸線分佈,並且左右對稱,呈現圓筒狀;這種圓筒狀的電子分佈稱為sigma(σ),這就是定域化電子模型中的σ。因此,我們稱第一種分子軌域與第二種分子軌域混合而成的分子軌域為σ分子軌域sigma(σ)MOs
17. 二、在氫分子的世界,容納電子的只有分子軌域。氫原子獨立時的1s軌域與在氫分子中不存在了,因為氫分子走自己的新的軌域組。
18. 三、第一分子軌域(鍵結軌域)的能量低於氫原子的1s軌域,但是第二分子軌域(反鍵結軌域)的能量高於氫原子的1s軌域
19. 這一點對穩定氫分子H2十分重要;如果來自於二個氫原子的2個電子都填入最低能階的分子軌域(鍵結軌域),這些電子的能量將低於它們在獨立的氫原子身上時,這樣的情況有利於分子的形成,因為自然的法則是物質追求最低能階狀態
20. 分子軌域提供給2電子的能量低於它們在獨立的原子軌域的能量,是驅動原子組成分子的動力。這種情況稱為促進鍵結pro-bonding
21. 相反地,如果2個電子被迫填入較高能階的分子軌域MO,又稱為「反鍵結軌域anti-bonding」,這種情況下,電子留在獨立原子身上的能量低於電子填入分子軌域的能量,因此二原子不鍵結、各自獨立比較有利。
22. 由於分子可以提供低能量的第一分子軌域MO1給電子填入,電子沒必要去高能階的第二分子軌域,因此獨立原子上的電子會傾向於進入分子的低能階軌域,產生穩定的分子。
23. 討論到現在,我們發現氫分子的分子軌域MOs可分為二類:鍵結軌域bonding MO反鍵結軌域antibonding MO
24. 分子的鍵結軌域bonding MO能量低於獨立原子的軌域,這種軌域有利於形成化學鍵。分子的反鍵結軌域能量高於獨立原子的軌域,這種軌域有利於使原子分離保持獨立。
25. 四、氫分子的分子軌域鍵結凸顯是,電子出現在二原子核之間的機率最大這就是我們預期的,當電子同時受到兩原子核吸引時,它們的能量可降到最低。
26. 反過來說,依據反鍵結分子軌域顯示的電子分佈圖,絕大多數的電子是遠離二原子核之間的區域,這種分子軌域不利於鍵結,因為電子在這種反鍵結軌域的能量高於它們在獨立的原子身上。
分子軌域模型關於電子分佈與能量的設定符合我們對鍵結的基本觀念。這個事實再次確認分子軌域模型在物理上是合理的。
27.  五、我們將用特殊的符號說明分子軌域MOs(1)是否具有對稱性(造型)?(2)構成分子的原始原子的軌域?以及(3)原子軌域是鍵結軌域還是反鍵結軌域?
反鍵結軌域用星號表示*。氫分子的二種分子軌域MOs都是對稱的,用σ符號說明對稱性,並且這二種分子軌域都適用氫的1s原子軌域構成。氫分子H2的二種分子軌域-MO1第一種分子軌域/鍵結軌域、MO2第二種分子軌域/反鍵結軌域-標示如下:
MO1σ1s
MO2σ2s*
28. 分子的電子組態寫法與原子的電子組態寫法一樣。因為氫分子有2個電子在σ1s分子軌域,電子組態是σ1s 2
29. 每個分子軌域MO容納2個電子,但是每個電子的旋轉方向必須相反。
30. 不論有沒有用來填入電子,分子的二種分子軌域MOs都存在。分子軌域的數量永遠與建立分子的原子的原子軌域數量一樣。(二個原子建立的分子軌域,會有二種分子軌域)
n     翻譯編寫Steven S. Zumdahl Chemical Principles》;圖片來源/ChemkbHumanthermodynamicsStudents.flatworldknowledgeDlt.ncssm.edu